Eine der dunkleren Phasen der spanischen Geschichte war die der 356-jährigen Inquisition, deren Anfänge sich mit den letzten Jahren der Rückeroberung überschneidet. Es war eine Zeit der Paranoia, Folterung, Ketzerverbrennungen, Tod und der Verfolgung der Häretiker, also ziemlich jedem der scheinbar den Prinzipien der katholischen Kirche in irgendeiner Weise widersprach.
Die drohende Niederlage der Mauren und die Vereinigung von Aragonien und Kastilien führte dazu, dass diverse Meinungen und Überzeugungen nebeneinander her bestanden. Im Jahr 1480 fing auf Wunsch des Königspaares Ferdinand II und Isabella I die Inquisition an. Sie sollte eine religiöse und nationale Einheit in dem sich ausdehnenden und kulturell vielfältigen Königreich bilden, in dem alle Ketzer umgebracht werden sollten. Die Menschen die nicht der katholischen Kirche angehörten mussten sich entscheiden entweder zu konvertieren oder das Land zu verlassen.
Die Inquisition verwandelte sich während des 16. Jahrhunderts in eine paranoide Hexenjagd, bei der unbegründete Verdächtigungen oft zur Verfolgung und sogar zur Exekution von jedermann führte, der Praktiken der evangelischen Kirche, sexuelle Handlungen die von der katholischen Kirche verboten wurden, schwarze Magie, oder alles andere was die Monarchie als mögliche Gefahr ansah betrieb. Die ersten Ziele waren die conversos: Muslime und Juden die zwar offiziell zum Katholizismus konvertiert sind, aber im Verdacht standen Praktiken ihrer ursprünglichen Religion weiterhin zu betreiben.
