L'une des périodes de l'histoire espagnole des plus sombres a été celle des 350 années de l'Inquisition, avant la fin de la Reconquête. Ce fut une époque de censure, paranoïa, torture, autodafé, mort et de persecussion générale des hérétiques.
La récente défaite des musulmans et l'unification qui s'en suit d'Aragon et de Castille ont fait que diverses opinions et croyances coexistaient. En 1480 et à la demande du roi et de la reine Ferdinand le Catholique et Isabelle la Catholique, l'Inquisition commença. Elle avait pour but de d'établir une unité religieuse et nationale et donc d'éliminer tous les hérétiques. Les non catholiques devaient donc choisir entre se convertir à la religion nationale ou quitter le pays.
L'Inquisition devint au cours du 16ème siècle une véritable chasse aux sorcières. La moindre suspicion de pratique du protestantisme, d'actes sexuels réprouvés par le catholicisime, de magie noire ou de choses pouvant représenter une menace envers la monarchie menait à la persécusion et l'éxécution des personnes suspectées. Les premiers visés furent les "conversos" : les juifs ou musulmans convertis au catholicisme mais supsctés de continuer à pratiquer leur religion d'origine.